Junkers Ju-90SBastante conforme con las pruebas del Ju-90B el RLM le pidio a Junkers una version mejorada de transporte militar y reconocimiento en abril de 1939.
Ju-90S (ju-90V7)
El nuevo modelo de fue designado S por Schnell= veloz, estaba basado en los aviones Ju90V5 y V6.
Estos dos aviones incorporaban los motores de 18 cilindros BMW 139, y una rampa de carga especial en la parte trasera que perimitia un rapido acceso para carga y descarga, tambien podia abrirse en vuelo para el lanzamiento de paracaidistas o suministros.

Los problemas de sobrecalentamiento cronicos que padecia el BMW 139 hicieron que fuera abandonado su desarrollo, por lo tanto el primer Ju-90S verdadero ( JU-90V7) volo con 4 BMW 801 de 14 cilindros en doble estrella.
Le siguio el V8 que incorporaba armamento defensivo bajo la forma de una torreta dorsal con Mg151 de 20mm una torreta de cola con otro cañon mauser de 20mm y 4 MG-131 de 13mm en los puestos ventral trasero-delantero y en los laterales, aunque generalmente estas dos armas no eran transportadas.
Ju-90S armado (Ju-90V8)
Aparte del notable incremento de potencia , la envergadura fue tambien aumentada casi 7 metros, estas dos modificaciones le permitian transportar casi 17 toneladas de carga, notable para su epoca, teniendo en cuenta que un DC-3 llevaba 2,1 toneladas.
Solo se construyeron 2 aparatos de esta variante pero fueron importantes en el sentido que serian la base para el avion multiproposito Junkers 290.
Ju-90S caracteristicas.Planta motriz: 4 mot. BMW 801D de 1700 hp.
Largo: 28,2 metros.
Envergadura: 42 metros.
Sup. alar: 205 metros cuadrados.
Carga maxima: 17180 kg.
Plazas maxima: 47 asientos.
Plazas normal: 7 asientos.
Peso vacio: 18900 kg.
Velocidad maxima: 425 Km/h (V8) 445 Km/h(V7)
Alcance con 5 toneladas de carga: 2000 km.
Alcance Maximo 3500 km.