Los Branderburgers tuvieron el "honor" de sufrir las primeras bajas alemanas en la URSS, ya que varias secciones infiltradas en la Polonia ocupada por los soviets para proteger objetivos estratégicos fueron recibidas a tiros, muriendo varios de ellos, horas antes del inicio de la operación Barbarroja.
Estos comandos enviados con uniformes rusos, tuvieron que ocupar y conservar intactos puentes y nudos de comunicaciones. En esas operaciones algunos comandos confundidos por las tropas alemanas con soldados rusos auténticos, eran abatidos por sus propios compañeros cuando salían a recibirlos.
Este tipo de misiones se repitió en bastantes ocasiones durante el avance alemán en el Este. Así, por ejemplo, en Letonia un destacamento del Rgtº Brandenburg conquistó los puentes sobre el río Dvina, disfrazándose de militares soviéticos heridos que eran transportados a retaguardia. esta acción les valió una felicitación personal del Comandante en Jefe del Grupo de Ejércitos Norte, el mariscal Ritter Von Leeb. También fue utilizada esta táctica en el Cáucaso para evitar la destrucción de varios diques.
En Laponia, un comando especial de Brandenburgers cortó temporalmente las líneas férreas que salían del importante puerto soviético de Murmansk. Fueron instruidos en Zossen. Para ello se les dotó de cañones Pak 47 fabricados en Austria y fundidos en aluminio para facilitar su transporte. Para llegar al puerto de Murmansk usaron lanchas plegables
entre los mandos de estas unidades destacó el intrépido teniente Foelkersam, descendiente de un almirante zarista, que en 1944 se convertiría en brazo derecho de Otto Skorzeny. En cierta ocasión los hombres de Foelkersam se infiltraron con uniforme soviético tras las líneas enemigas y durante varias semanas operaron en la retaguardia rusa; capturando a la plana mayor de una división antes de regresar a las líneas alemanas.
Pero no siempre tenían éxito. Muchas veces fueron descubiertos con uniformes rusos y ejecutados inmediatamente por llevar ese uniforme. Otras veces, pese a cumplir perfectamente con su parte del plan, las unidades amigas a las que debían abrir camino no llegaron a tiempo, como cuando un grupo lanzado en paracaidas al mando del teniente Lübke, en el sector del 17º ejército, esperó inútilmente a una división panzer que nunca llegó para cruzar el puente, que defendieron hasta él último cartucho.
Pero quizás lo más destacado que podemos citar de la lucha de los brandenburgers en el Frente Oriental sea el empleo de fuerzas indígenas en sus filas. Así, nada más ocupar Polonia, con soldados procedentes de Ucrania se puso el germen del Batallón Ruiseñor, organizado en el invierno de 1940-41 en Neuhammer. El jefe ucraniano del Batallón fue Skonprynka, que moriría en 1951, luchando todavía por la independencia de su país. el mando alemán lo tenía el héroe brandenburger Albrecht Herzner, y el instructor político de los voluntarios del Este fue el capitán Oberländer, que llegaría a ser ministro de la República Federal alemana años despues.
El Bón. Ruiseñor fue utilizado en la liberación de Lemberg en la noche del 30 de junio, ocupando, aparte de otros puntos estratégicos de la ciudad, la emisora de radio y animando desde allí a los ucranianos a luchar contra la tiranía soviética.
Pese a la defensa de Oberländer, la organización de las unidades de voluntarios ucranianos fue entorpecida por las presiones de Alfred Rosemberg, Robert Ley y el mismo Hitler, cuyas ideas se plasman en la famosa frase: "Rusia es nuestra Africa y sus habitantes nuestros negros". Despues de otras exitosas operaciones del Bón. Ruiseñor, como la ocurrida en la batalla de Vinitza, el espíritu de la tropa fue decayendo y finalmente los ucranianos fueron licenciados.
Oberländer no se desanimó y puso a continuacion sus ojos en el Cáucaso, organizando el Bón. Bergman con nativos de aquélla zona. Destacamentos de este Bón. mandados por los tenientes Moritz y Lange, saltaron en paracaidas tra las líneas rusas para organizar acciones de sabotaje y animar a los pueblos indígenas al levantamiento antibolchevique. Se dió a la misión el nombre clave de "Operación Schamyk", y lograron organizar diversas bandas armadas, actuando durante meses como guerrilleros.
También con nativos del Báltico se organizaron comandos en el Rgtº Brandenburg. Numerosos estonios fueron adistrados e infiltrados junto a oficiales alemanes en Estonia antes del avance de la Wehrmacht. allí, divididos en 5 grupos, organizaron bandas de guerrilleros en las áreas boscosas y realizaron sabotajes, transmitiendo importantes informaciones al OKH.