Entre el 10 y el 17 de septiembre ha disparado 400 proyectiles de gran calibre contra los alemanes. El 18 de septiembre es remolcado a Kronstadt para intentar su reparación. Dañado por la artillería no puede navegar por si mismo y deja un rastro de combustible.
Durante los trabajos de reparación se reciben ataques diarios de la aviación enemiga. Por ejemplo, el 21 se septiembre el buque se somete a cinco ataques aéreos en cada cual participan de 20 a 40 aparatos. Todos los ataques han sido rechazados con éxito y el “Marat” no sufre más daños hasta el 23 de septiembre de 1941.
Aquella mañana el día estaba excepcionalmente claro, con visibilidad excelente. Comenzaron los vuelos de reconocimiento enemigo. La AAA intenta repeler un grupo de aviones, pero estos se reagrupan y se dirigen a Kronstadt.
Los alemanes se dirigen a los barcos anclados. Su objetivo principal son los acorazados. A pesar de la oposición de la AAA en el primer ataque el adversario ha conseguido dos impactos directos sobre el “Marat”, en la proa, posiblemente con bombas de 500 kilos (según fuentes soviéticas) lo que provoca la detonación de la torre 1 que, tras saltar por los aires vuelve a caer en cubierta. La proa, junto con todos sus ocupantes, artillería y los puestos de combate se levanta con estrépito ensordecedor y se hunde en el agua. Ha volado con la chimenea delantera y el puente de mando. Han muerto el Capitán Ivanoc, el segundo Chufistiov y 324 personas más. En ese momento, el Marat, como unidad de combate, no existía. Parte del barco, de la cuaderna 20 la 57 es arrancada. 14 metros destruidos en la zona de la explosión. La proa hasta la cuaderna 20 descansa en el fondo poco profundo. El barco está unida a ella por la bodega. La fuerza de la explosión ha roto el mamparo estanco de la sala de máquinas, en la segunda cuaderna, que la separaba de la segunda torre. Todos los remaches han sufrido, a lo que se une el castigo recibido el 16 de septiembre y al desgaste del barco por la edad. Se rompen las conducciones de vapor y los generadores dejan de funcionar, dejando el barco sin corriente.
En este ataque participa, junto con otra treintena de aparatos, Hans Ulrich Rudel, provistos de bombas de 1.000 kg*. (Esto no se si es correcto,? supongo que serian de 500 kg)*
Vista del Marat a sus inicios, con la chimenea recta ..
Los generadores diesel de la proa fueron destruidos por la explosión y los de popa estaban en reparación, por lo que no funcionaban. A pesar de los daños, se lucha por conservar el barco. Hay incendios a bordo que son controlados. Se intenta arrancar las calderas 4 y 6 sin éxito, así como activar las bombas de agua. No se consiguen arrancar los generadores de popa y solo funciona la iluminación de emergencia. A la luz de linternas se intenta contener la entrada de agua. Sin embargo, la rápida inundación impide taponar todas las vías y el barco se va inundando poco a poco. El “Marat” recibe 10.000 toneladas de agua y la proa toca fondo (11 metros).
Se controla el incendio de la segunda torre y se continúa intentando salvar el barco durante dos horas más. Aunque está a 300 metros de la costa, el fuego se extingue con los medios de abordo. En ese momento se da la orden de "abandonar el barco", pero por la tarde, con la energía eléctrica restablecida desde la costa, la tripulación vuelva a intentar salvar el barco. Los artilleros de la batería AAA de la cuarta torre no han abandonado el barco y continúan rechazando los ataques aéreos de los adversarios. Solo ese día se disparan 1.002 proyectiles de 76,2 mm, 528 de 37 mm y 6.584 de 12,7 mm.
Por desgracia, las medidas no son suficientes y el 24 la proa del “Marat” toca el fondo poco profundo. Pero el barco, se niega a morir. Sobre el nivel del agua queda la mayor parte del barco. Aunque no puede navegar por si mismo, es posible seguir operando el barco remolcado, como batería flotante. El 24 de septiembre se inicia la reparación, colaborando varios barcos en ellos. El “Marat” adquiere rápidamente flotabilidad positiva. La proa permanece hundida, actuando como ancla.
En octubre de 1941 (apenas un mes después) la parte popel del “Marat” está operativa y se ponen en funcionamiento las torres 3 y 4, abriendo fuego el 31 de octubre con seis cañones de 305 mm contra el sur de Finlandia. La segunda torre se comienza a reparar el 23 de julio de 1942, estando operativa el 4 de octubre del 42. Se desmontan los cañones de 120 mm para su uso terrestre y finalmente el “Marat” se queda con tres torres de 305 mm, tres AA de 76 mm sobre la cuarta torre, cinco montajes de 37 mm, ametralladores DK y DSHK.
El Marat remolcado hacia el puerto, se ve los desperfectos y la gran mancha devida a la perdida de combustible.
Desde noviembre de 1941 el “Marat” abre fuego habitualmente contra las posiciones alemanas, especialmente contra los convoyes que abastecen al enemigo, así como haciendo fuego de contrabatería en Leningrado. Esto provocaba la respuesta del enemigo que somete al barco a bombardeo artillero. El 12 de noviembre recibe tres 23 proyectiles de 203 mm. Dos traspasan la cubierta y provocan daños en su interior. Este bombardeo ha demostrado que la coraza horizontal no es protección suficiente contra los proyectiles de grueso calibre por lo que se refuerza con planchas de granito del malecón.
